Arkikatedros didįjį altorių sudaro trys dalys. Pirmoji, įrengta kiek aukščiau už kitas, papuošta Dievo Apvaizdos ženklu; virš jo iškyla kryžius su Kristaus figūrėle. Antroji dalis išsiskiria puošniu tabernakuliu.

Tabernakulis – puošni dėžutė, skirta Švč. Sakramentui laikyti. Katedroje ji buvo papuošta iškaltais pasakojimais apie Didžiojo Ketvirtadienio įvykius: Paskutinę Vakarienę, Jėzaus patarnavimą mokiniams plaunant jų kojas, maldą Alyvų kalne. Tabernakulio viršuje įrengtas gaubtas kryžiui ar monstrancijai, šalia jo – Lietuvos ir Vilniaus vyskupijos globėjų – šv. Kazimiero ir šv. Stanislovo – skulptūrėlės.

Naujasis altorius, ant kurio dabar laikomos šv. Mišios, įrengtas 2007 m. pagal Vatikano II Susirinkimo nurodymus.