Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia – pirmoji šventovė Lietuvoje, statyta kaip didikų šeimos mauzoliejus. Po bažnyčios grindimis yra išlikusios penkios laidojimo kriptos. Vienose laidotos vienuolės, kitose – pasauliečiai. Sapiegų šeimos kriptoje palaidotas Leonas Sapiega, jo sūnūs Jonas Stanislovas, Kristupas ir kiti šeimos nariai. 1655 m. Vilnių užėmusi carinės Rusijos kariuomenė miestą nusiaubė, sudegino, išplėšė, nužudė tūkstančius žmonių. Kazokai išžudė vienuolyne pasislėpusius miestiečius ir likusias vienuoles, apiplėšė bažnyčią bei Sapiegų kapų rūsį. Pasisavinę brangius karstus ir įkapes, palaikus išmetę į gatvę. 

Bažnyčioje išliko keturi ypač vertingi XVII a. pr. Sapiegų giminės antkapiai, liudijantys užsakovų galią, turtą ir subtilų meninį skonį.