Per Antrąjį pasaulinį karą Trakų bažnyčia nenukentėjo, tačiau svarbiausias lobyno vertybes nutarta paslėpti. Vertingiausi dirbiniai buvo užkasti bažnyčios viduje. Tarp jų – didžioji monstrancija, auksinės Dievo Motinos paveikslo karūnos. Slėptuvė atidaryta 1975 m., remontuojant bažnyčią. Dalis Trakų bažnyčios lobyno šiandien saugoma Bažnytinio paveldo muziejuje.

Švč. Mergelės Marijos Paveikslas yra vienas ankstyviausių ir labiausiai gerbiamų atvaizdų Lietuvoje. Legenda byloja, kad jį Lietuvos didžiajam kunigaikščiui Vytautui dovanojo Bizantijos imperatorius. Apie paveikslo teikiamas malones ir stebuklus žinoma jau nuo XVII a. pradžios.