Koplyčia, XVI a. funduota vyskupo Jono iš Lietuvos kunigaikščių, pašvęsta Šv. Marijai Magdalenai, vėliau vadinta Vyskupų, kadangi po ja esančioje kriptoje buvo laidojami Vilniaus katedros vyskupai. Ant šios koplyčios altoriaus esančiame tabernakulyje ilgą laiką saugotas Švenčiausiasis Sakramentas, tad prigijo ir šis titulas.

Koplyčios lubose nutapyta freska, vaizduojanti tarp dviejų angelų visus maldininkus laiminantį Kristus. XX a. pradžioje koplyčia išpuošta angelų figūromis ir eucharistiniais simboliais bei Jėzaus Kristaus monogramomis sgrafito technika. Darbų autorius – Jurgis Hoppenas.

Rytinėje sienoje įrengta vyskupui Antanui Pranciškui Audzevičiui (1833–1895) skirta epitafija. Balto marmuro lentoje paauksuotomis raidėmis iškaltas lotyniškas tekstas, po juo – Kristaus monograma-vardo santrumpa. Virš lentos – sukryžiuota vyskupo lazda ir kryžius, o aukščiau nišoje marmurinis vyskupo biustas. Virš altoriaus kabo nežinomo autoriaus XVIII a. paveikslas „Šv. Tomas“.