Каплицю було засновано у 1476 році Миколаєм Кенґайлатісом, канцлером Великого князівства Литовського та воєводою Вільна, представником роду Кенґайлів. Спочатку вона була посвячена кільком святим, а з часом набула різних назв, пов’язаних із меценатами та мистецькими творами, що в ній зберігалися. Через таку зміну назв в історіографії її найчастіше називають Першою каплицею Кенґайлів.

У каплиці збереглися кілька історичних пам’яток: меморіальні плити, присвячені литовському шляхтичу Миколаю Залецькому та могилівському архієпископу-митрополиту Вінценту Ключинському, а також унікальна плита з коричневого мармуру, що розповідає легенду про вільнюських францисканських мучеників.

Після реставрації 2020 року в каплиці встановлено сучасну менсу з реліквіями святої Фаустини, блаженного священника Міхала Сопоцька та святого Івана Павла ІІ, над якою розміщено образ Ісуса Милосердного.