Скарбниця Кафедрального собору є найстарішою і найбагатшою з усіх скарбниць, що збереглися в литовських церквах. Першими предметами, які потрапили сюди, були багаті літургійні вироби, пожертвовані Ягайло та Вітаутасом з династії Гедимінідів та їх дружинами, а також подарунки з-за кордону, відправлені з нагоди офіційного прийняття Литвою християнства. Правителі, вельможі та єпископи дарували Кафедральному собору розкішні літургійні атрибути: хрести, кубки, релікварії та монстранції. У воєнний час цінності вивозили або переховували, востаннє це сталося з початком Другої світової війни. Напередодні війни скарбниця Кафедрального собору була схована в стіні і замурована. Її знайшли у 1985 році, але вперше представили публіці лише на виставках у Литовському художньому музеї у 1999-2003 роках. У 2006 році вся кафедральна скарбниця була повернута Вільнюській архиєпархії, а з 2009 року експонується в Музеї церковної спадщини.

Відкриття скарбниці Вільнюського кафедрального собору. Фото Р. Будріс, 1985 р., Литовський національний художній музей