Koplyčia, XVI a. funduota vyskupo Jono iš Lietuvos kunigaikščių, pašvęsta Šv. Marijai Magdalenai, vėliau vadinta Vyskupų, kadangi po ja esančioje kriptoje buvo laidojami Vilniaus katedros vyskupai. Ant šios koplyčios altoriaus esančiame tabernakulyje ilgą laiką saugotas Švenčiausiasis Sakramentas, tad prigijo ir šis titulas.
Koplyčios lubose nutapyta freska, vaizduojanti tarp dviejų angelų visus maldininkus laiminantį Kristus. XX a. pradžioje koplyčia išpuošta angelų figūromis ir eucharistiniais simboliais bei Jėzaus Kristaus monogramomis sgrafito technika. Darbų autorius – Jurgis Hoppenas.
Rytinėje sienoje įrengta vyskupui Antanui Pranciškui Audzevičiui (1833–1895) skirta epitafija. Balto marmuro lentoje paauksuotomis raidėmis iškaltas lotyniškas tekstas, po juo – Kristaus monograma-vardo santrumpa. Virš lentos – sukryžiuota vyskupo lazda ir kryžius, o aukščiau nišoje marmurinis vyskupo biustas. Virš altoriaus kabo nežinomo autoriaus XVIII a. paveikslas „Šv. Tomas“.
Koplyčios puošmena – „Šv. Mykolo Dievo Motinos“, dažniau vadinamos „Sapiegų Madona“, paveikslas. Šis Švč. Mergelės Marijos atvaizdas su pranciškonų šventaisiais Pranciškumi ir Bernardinu jau nuo XVI a. garsėjo
malonėmis ir stebuklais. Anksčiau buvęs Bernardinų bažnyčioje, vėliau paveikslas ilgą laiką priklausė Šv. arkangelo Mykolo bernardinių vienuolyno bažnyčiai. Nuo šios šventovės fundatoriaus giminės ir kilo pavadinimas „Sapiegų Madona“. Bažnyčioje paveikslo akivaizdoje patirti stebuklai buvo registruojami, o 1750 m. rugsėjo 8 d. atvaizdas buvo vainikuotas popiežiaus Benedikto XIV atsiųstomis karūnomis (aptaisas ir karūnos neišliko). Tai – ketvirtasis vainikuotas šventasis atvaizdas Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje (antrasis pagal senumą dabartinėje Lietuvoje).
2020-iais Katedros bendruomenės pastangomis Dievo Motinos ir Kūdikėlio Jėzaus karūnos atkurtos ir vėl puošia paveikslą.
Šv. Vladislovas – Vengrijos ir Kroatijos karalius, gyvenęs XI a. ir tapęs šventuoju Vengrijos globėju. Priimdamas krikštą, Lietuvos ir Lenkijos valdovas Jogaila pasirinko Vladislovo vardą, todėl 1387 m. Jogailos statytai Vilniaus katedrai nuspręsta duoti Šv. Stanislovo ir Šv. Vladislovo titulą.
Per didžiausią paskutinę katedros rekonstrukciją Laurynas Gucevičius suprojektavo šv. Vladislovo (anksčiau – vyskupo Abraomo Vainos) elipsės formos koplyčią. Koplyčia buvo ištapyta freskomis, jų fragmentus galima matyti iki šiol. Prie koplyčios altoriaus išlikę lotyniški užrašai liudija teologinę freskų prasmę: Zelus (uolumas) ir Fides (tikėjimas). Koplyčios altorius įrengtas XIX a. vid., jo nišoje stovi masyvi gipsinė šv. Vladislovo, rankoje laikančio kryžių, skulptūra (1861–1863 m., aut. Henrikas Dmochovskis).
Kalėdų laikotarpiu Šv. Vladislovo koplyčioje paruošiamas Betliejus, o Didįjį Ketvirtadienį į šią koplyčią rengiama procesija su Švč. Sakramentu.
Vytautas – pirmasis Vilniaus katedroje palaidotas Lietuvos valdovas, padėjęs naujai perstatyti ir išpuošti bažnyčią. 1930 m. minint 500 metų nuo Vytauto mirties tikėtasi rasti kunigaikščio palaikus ir perkelti juos į naujai pagamintą sarkofagą. Deja, Vytauto palaikų tebeieškoma iki šiol.
Sarkofagas Vytauto Didžiojo palaikams. Čekoslovakija, 1930 m. LNM
Nuo 2019 m. Vilniaus katedroje bazilikoje lankytojams atverti nauji požemių maršrutai, esantys šiaurinėje katedros požemių dalyje. Jie leidžia pamatyti ir išgirsti apie ilgus metus tiesiogine to žodžio prasme buvusias neprieinamas, užmūrytas ar užtvertas erdves. Lankytojai čia gali apžiūrėti vienų seniausių Lietuvoje mūrų, XIII–XIV a. bokšto ir laiptų liekanas, istoriškai neįkainojamus Jogailos ir Vytauto katedros mūrus, skirtingas laidojimo tradicijas menančias kriptas ir mauzoliejų, katedros rekonstrukcijas liudijančias sienas, XVIII a. drenažinę sistemą, gotikines plytas ir kitas vertybes, išsidėsčiusias nemažame, 120 kv. m plote po Vilniaus katedra.
Varpinė – svarbi Vilniaus arkikatedros bazilikos, Žemutinės ir Aukštutinės pilių komplekso dalis, miesto simbolis. Varpinės istorija siekia XIII a. vidurį, dabartinę išvaizdą ji įgavo XIX a. pradžioje. Pastato viršuje laiką skaičiuoja seniausias miesto laikrodis, į šv. Mišias kviečia varpų skambėjimas, atsiveria netikėta Vilniaus panorama.
Sovietmečiu buvo nuspręsta katedros varpinėje įrengti kariljoną. Iš uždarytų Lietuvos bažnyčių čia atvežti įvairaus dydžio varpai. Jie gręžti, frezuoti, šlifuoti, tačiau varpų suderinti nepavyko. 2009 m. jie restauruoti Kelno arkivyskupijos restauravimo dirbtuvėse. Dalis varpų grįžo į bažnyčias, iš kurių buvo išvežti, kiti eksponuojami varpinėje.
